本报讯（记者张楠）中国科学院昆明动物研究所研究员张晓明、吉学平联合复旦大学教授王传超等国内外科研人员，对苏门答腊岛北部洛央门达洞穴出土的古人类遗骸进行了深度测序，并整合东南亚岛屿已发表的古今人群基因组数据，系统重建了印度尼西亚（印尼）群岛东西部人群的遗传历史。近日，相关成果在线发表于《交叉科学》。

经典生物地理分界线“华莱士线”将印尼分为东西两部分，它们在人类文化和遗传上存在显著差异。洛央门达洞穴的文化层序列记录了和平文化、南岛语族文化和东南亚大陆新石器文化等阶段的考古证据，是研究东南亚大陆和平文化传统、海岛南岛语族人群扩张和印尼西部新石器时代农业人群演化的重要考古节点。

研究团队在热带高温高湿环境下成功提取高质量基因组数据，并对古DNA的真实性进行了严格验证，最终获得两例距今约3300年和1700年的古基因组。这是迄今印尼华莱士线西部最早的古基因组证据。

样本遗传结构显示，其祖源构成为43.3%的南岛语族人群成分、29.1%的和平文化人群相关成分和27.6%的东南亚大陆新石器晚期至青铜时代人群相关成分，与考古学证据完美呼应。洛央门达遗址叠压的文化层在基因组变化中均能找到对应，说明这些文化变化的背后不仅是技术和器物的传播，更伴随着真实的人群迁徙与融合。

研究团队提出了印尼东西部遗传差异形成的“两阶段”模型。第一阶段在全新世早期或更早时期，当时印尼东西部就已存在显著的遗传差异，西部采集狩猎人群可能与东南亚大陆的和平文化人群亲缘关系更近，印尼东部则以巴布亚相关祖源为遗传基础，这与华莱士线的地理隔离高度契合。第二阶段在新石器时代及以后，5000～4000年前开始的南岛语族人群扩张，为印尼东西全境带来了早期南岛语族遗传成分，但并未简单替代原有深层祖源成分；随后西部地区多次接受了来自东南亚大陆的基因流，东部地区则经历了巴布亚相关人群的回流。

研究揭示，印尼群岛现代人群的形成是早期区域分化、南岛语系扩张、东南亚大陆人群迁徙和巴布亚相关人群回流共同作用的结果。

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https://doi.org/10.1016/j.isci.2026.115974